Mittetulundusühing Rektorite Nõukogu asutati kuue Eesti avaliku ülikooli poolt 1. novembril aastal 2000. Avalikud ülikoolid  Eestis on  laiaulatusliku autonoomiaga avalik-õiguslikud juriidilised isikud.

Nõukogu eesmärk on  aidata kaasa Eesti haridus-, teadus- ja kultuurielu edendamisele oma liikmete esindamise ja seisukohtade kujundamise kaudu ühist huvi pakkuvates küsimustes Vastavalt põhikirjale võivad nõukogu liikmeteks olla asutajaliikmed ja need Eesti ülikoolid, mis annavad bakalaureuse-, magistri- ja doktoriõppekavade alusel õpetust vähemasti kolmes teadusvallas ning kus toimub pidev ja edukas teadustöö ning doktoritööde kaitsmine. Rektorite Nõukogu juhatuse liikmed on  avalike ülikoolide rektorid ehk Signe Kivi Eesti Kunstiakadeemiast, Peep Lassmann Eesti Muusika - ja Teatriakadeemiast,  Alar Karis Tartu Ülikoolist, Rein Raud Tallinna Ülikoolist, Peep Sürje Tallinna Tehnikaülikoolist ja  Mait Klaassen Eesti Maaülikoolist. Alates 4. augustist 2008 on juhatuse esimeheks Tartu Ülikooli rektor Alar Karis.